Film se nastavlja tamo gdje je završio prethodni, 'Zvjezdane staze II: Khanov bijes'. Nakon Spockova pogreba, posada se vraća kući. Kod kuće saznaju da će njihov brod Enterprise zbog starosti biti povučen iz uporabe. No uskoro kapetana James T. Kirka (William Shatner) posjeti Spockov otac...
Morski biolozi ispod površine pripremaju teren za smještaj raketa. Scarpelli (Nia Peeples) želi podrobnije istražiti podvodne hridi te obavještava dr. Geldera (Marius Weyers) kako bi trebalo obavijstiti mornaricu o mogućim opasnostima. No, dr. Gelder ne želi ostati bez fundacije te nastavlja...
