Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja....
Nakon što je pokušao živjeti normalnim životom, Logan kreće u osvetu za smrt svoje djevojke prolazeći kroz program mutanta Weapon X i postajući Wolverine.
