Thomas A. Anderson čovjek je koji živi dva života. Po danu je običan kompjuterski programer, a po noći haker po imenu Neo. Neo je uvijek ispitivao stvarnost, no istina je daleko od onog što je zamišljao. Kada se nađe na meti policije, kontaktira ga Morpheus, legendarni haker kojeg vlada...
Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja....
